Cmentarz żydowski w Wiżajnach znajduje się nad brzegiem Jeziora Wiżajny, przy obecnej ul. Wierzbołowoskiej. Jego lokalizację zaznaczono na mapie Wojskowego Instytutu Geograficznego z 1929 r. Cmentarz zajmuje działkę geodezyjną nr 201209_2.0034.26 o nieregularnym kształcie, zbliżonym do wydłużonego trójkąta i powierzchni około 2 ha.

Data założenia cmentarza nie jest znana - według różnych źródeł powstał w drugiej połowie XVII w. lub w XIX w.

Obiekt uległ dewastacji podczas drugiej wojny światowej. Niemcy urządzili na nim plac ćwiczeń. Część macew prawdopodobnie wykorzystali do utwardzania drogi Wiżajny - Żytkiejmy. Proces niszczenia trwał także po 1945 r. - niektórzy mieszkańcy wybierali piach z cmentarza i według niepotwierdzonych informacji używali nagrobki do celów budowlanych.

29 czerwca 1966 r., na podstawie dekretu o majątkach opuszczonych, Sąd Powiatowy w Suwałkach wydał decyzję o przejęciu działki cmentarnej przez Skarb Państwa.

29 grudnia 1969 r. Prezydium Gromadzkiej Rady Narodowej w Wiżajnach złożyło wniosek o zamknięcie cmentarza. Sprawa jednak najwyraźniej utknęła w urzędach wyższych szczebli. 15 lutego 1974 r. Naczelnik Gminy Wiżajny Zygmunt Jurewicz wystąpił do Ministerstwa Gospodarki Terenowej i Ochrony Środowiska z wnioskiem o przeznaczenie cmentarza na obiekt rekreacyjny: "Naczelnik Gminy Wiżajny pow. Suwałki zwraca się z uprzejmą prośbą o wydanie decyzji w sprawie użycia terenu cmentarnego położonego we wsi Wiżajny na budowę stadionu sportowego. Przedmiotowy cmentarz (powierzchnia działki Nr. 26 - 2,01 ha) był cmentarzem wyznania mojżeszowego. Ostatni pochówek nastąpił w 1939 roku. W latach 1940-1943 władze okupacyjne podjęły decyzję o budowie stadionu i wykonano już dużo prac ziemnych: płyty pod boisku do piłki nożnej oraz strzelnicę. Jednocześnie z wykonawstwem prac ziemnych całkowitej profanacji uległy wszystkie groby. Jedyna oznaką dawnego cmentarza są fragmenty parkanu. Po byłym cmentarzu nie zachowały się pamiątki wartości historycznej, archeologicznej lub artystycznej. Na terenie gminy nie zamieszkują wyznawcy wyznania mojżeszowego. W latach ubiegłych Prezydium Gromadzkiej Rady Narodowej w Wiżajnach występowało z wnioskiem o zamknięcie cmentarza, jednak do chwili obecnej brak jest oficjalnego dokumentu stanowiącego o zamknięciu cmentarza. Zgodnie z planom przestrzennego zagospodarowania wsi Wiżajny w/w cmentarz wraz z przyległą działką Nr. 26 o powierzchni 0,54 ha został przeznaczony na zieleniec. Nie wyznaczono terenów pod budowę stadionu czy nawet boiska, których dotychczas jest brak, bez względu na to, że w szkole podstawowej uczy się około 400 uczniów, działa miejscowe koło LZS. Z chwilą utworzenia gminnej szkoły zbiorczej sytuacja ta pogorszy się jeszcze bardziej. Brak jest też innych działek, które odpowiadałyby pod budowę stadionu. Nadmieniam, że inicjatywa Zarządu Gminnego ZSMW i LZS odnośnie budowy stadionu podjęta została dla uczczenia XXX-lecia PRL. Od momentu przerwania prac w 1943 roku nikt nim podejmował ich kontynuacji. W pierwszych latach po wyzwoleniu z wyrównanej płyty pod boisko do piłki nożnej miejscowi rolnicy wydobywali żwir do celów budowlanych. Teren byłego cmentarza położony jest w pobliżu jeziora i pozytywna decyzja pozwoliłaby na lokalizację zwartego kompleksu rekreacyjno-sportowego dla potrzeb ośrodka gminnego".

Prośba naczelnika gminy została rozpatrzona wyjątkowo szybko. Już 21 lutego 1974 r. Urząd Powiatowy w Suwałkach uznał za "celowe i uzasadnione" przeznaczenie cmentarza pod budowę ośrodka sportowego. 4 marca 1974 r. Wydział Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej Urzędu Wojewódzkiego w Białymstoku wydał decyzję o zamknięciu cmentarza dla celów grzebalnych, uznając, że nie posiada on wartości zabytkowej, jest zdewastowany i stanowi własność Skarbu Państwa. 14 marca 1974 r. wniosek został pozytywnie zaopiniowany przez Urząd Powiatowy w Suwałkach, który zaznaczył: "Cmentarz ww. jest nieczynny zamknięty. W latach 1940-43 władze okupacyjne podjęły decyzję o budowie tego przedsięwzięcia. Wykonano wiele prac ziemnych jak płytę pod boisko piłki nożnej i strzelnicę. W związku z obchodami XXX-lecia PRL władze administracyjne i polityczne Gmin Wiżajny podjęły decyzję wykonania ośrodka rekreacyjno-sportowego". W maju 1974 r. (w decyzji brak daty dziennej) Ministerstwo Gospodarki Terenowej i Ochrony Środowiska wydało zgodę na przeznaczenie cmentarza na cele użyteczności publicznej. W kolejnych latach na cmentarzu powstało pole namiotowe, boisko oraz tzw. tancbuda.