Po wybuchu II wojny światowej w osadzie zapanował chaos, który próbowali opanować miejscowi komuniści, tworząc patrole straży robotniczej. Wśród nich była liczna grupa młodych Żydów. W połowie września Niemcy zajęli miejscowość, jednak po kilku dniach wycofali się. W dniu 22 września 1939 r. do osady wkroczyły oddziały Armii Czerwonej.
Wzmiankowany uprzednio Henry Gitelman tak zapamiętał wejście Rosjan do Sławatycz: "Radziecki dowódca zażądał delegacji powitalnej, niosącej czerwone flagi, która miała przywitać jego oddział i "zaprosić" do miasta. Miejscowy rabin razem z katolickim księdzem i prawosławnym popem wyszli powitać najeźdźców w tradycyjny sposób (.....) niosąc na tacy chleb i sól". Armia Czerwona wkrótce opuściła Sławatycze, wracając za Bug. Na mocy postanowień paktu Ribbentrop-Mołotow miejscowość ostatecznie znalazła się pod okupacją niemiecką.
Represje wymierzone przez Niemców wobec ludności żydowskiej narastały stopniowo i stawały się coraz bardziej dotkliwe. Wkrótce po zajęciu osady przez wojska hitlerowskie, ujęto i rozstrzelano Żydów-członków uprzednio wspomnianej straży robotniczej, która na początku września pilnowała porządku na ulicach Sławatycz. Nadchodzące tygodnie przynosiły kolejne egzekucje. W lutym 1940 r. hitlerowcy zgładzili grupę ponad pięćdziesięciu osób. Żydzi zostali pozbawieni praw, nakazano im nosić opaski z Gwiazdą Dawida, zmuszano ich do prac na rzecz okupanta. Do Sławatycz przesiedlano osoby pochodzenia żydowskiego z pobliskich miejscowości, między innymi Hanny, Dołhobrodu i Holeszowa. Do maja 1942 r. liczba Żydów w Sławatyczach sięgnęła 1.502 osób.
"Ostateczne rozwiązanie" nastąpiło w 1942 roku. Pod koniec czerwca Niemcy kazali Żydom zebrać się na rynku. Wielu z nich nie usłuchało jednak polecenia i - w przeczuciu zgotowanego im okrutnego losu - próbowało ratować się ucieczką lub szukając schronienia na terenie miejscowości. Większości z nich nie udało się zrealizować tych planów. Przez trzy dni Niemcy wyciągali ukrywających się Żydów i zabijali na miejscu. Szacuje się, że zginęło wtedy od sześciuset do tysiąca osób. Ofiary pogrzebano na cmentarzu żydowskim, w masowym grobie długości około stu metrów. Domy należące do Żydów spalono.
Ocalałych z tej "akcji" Żydów przesiedlono w rejon ulicy Pielwaki. Utworzone tam getto było strzeżone dzień i noc. Pod koniec września Żydzi zostali zmuszeni do stawienia się na rynku. Kobiety i dzieci załadowano na uprzednio podstawione furmanki, mężczyznom kazano zdjąć buty i iść czwórkami. Długa kolumna, pilnowana przez Niemców i granatową policję, wyruszyła ze Sławatycz. Świadkowie tego tragicznego marszu wspominają, że po drodze zabito wiele osób. Po dojściu do Międzyrzeca Podlaskiego, sławatyccy Żydzi zostali deportowani do Treblinki, gdzie zginęli w komorach gazowych.
Wojnę przeżyła garstka Żydów ze Sławatycz.
Wśród nich był Henryk Grynszpan, któremu schronienia - nie bacząc na groźbę kary śmierci za okazanie pomocy Żydom - udzieliła rodzina Parczewskich. Po wojnie Anna i Dominik Parczewscy otrzymali medal "Sprawiedliwy wśród narodów świata". Warto wiedzieć, że to wyróżnienie przyznano także Józefowi i Mariannie Krzymowskim ze Sławatycz. Wewe (Welwel) Grynszpan, jedyny Żyd, który po wyzwoleniu zamieszkał w swoim rodzinnym sztetl, w 1945 r. został skrytobójczo zamordowany.
Cmentarz żydowski w Sławatyczach znajduje się przy ul. Polnej, około 100 metrów za cmentarzem rzymsko-katolickim, na działce w kształcie litery L o powierzchni 1,35 ha. Podczas II wojny światowej na terenie nekropolii w masowych mogiłach grzebano zwłoki Żydów, ofiar Zagłady. Krzysztof Gruszkowski w swym opracowaniu zatytułowanym Sławatycki okręg bóżniczy opisał jeden z tych tragicznych epizodów: "Wyznaczeni Polacy furmankami zwozili zwłoki pomordowanych mężczyzn, kobiet i dzieci na miejscowy kirkut. Polacy mieli też obowiązek zrzucania zwłok do zbiorowego grobu o długości do 100 m. Wśród wyznaczonych był mój tata, mający wówczas ukończone 17 lat. W pewnej chwili usłyszał głos konającego Żyda, zrzuconego już do grobu, wołającego z jękiem - dobij mnie, dobij mnie!!! Struchlały ojciec nie wiedząc co ma czynić zwrócił się do eskortującego Niemca - tenże kazał nie przerywać zasypywania ziemią".
W czasie wojny cmentarz uległ zniszczeniu - wiele nagrobków zostało skradzionych i wykorzystanych do prac budowlanych. Przez wiele lat opuszczona nekropolia coraz bardziej zarastała i popadała w zapomnienie.
W 1964 roku na zlecenie Wojewódzkiego Zrzeszenia Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej w Lublinie cmentarz otoczono ogrodzeniem z drutu kolczastego rozpiętego na słupach drewnianych wraz z drewnianą bramą. Przy wejściu zamontowano drewnianą tablicę z napisem: "Cmentarz zamknięty. Zabrania się pod odpowiedzialnością karną chowania zmarłych, użytkowania oraz niszczenia cmentarza i jego urządzeń. Prezydium Gromadzkiej Rady Narodowej w Sławatyczach".