Cmentarz funkcjonował również po zakończeniu drugiej wojny światowej. W 1947 r. pochowano na nim Fajwla Feldera, w 1950 r. - Abrama Mińskiego. Odbywały się na nim także pochówki ofiar Zagłady, ekshumowanych z różnych miejsc, m.in. 1948 r. na cmentarz przeniesiono zwłoki 41 osób ekshumowanych z terenu Karczewa. Pomiędzy 14 grudnia 1948 r. a 11 stycznia 1949 r. na cmentarz przewieziono zwłoki:
- Adama Kornmestera, syna Samuela, żołnierza 1 pułku artylerii lekkiej 1 Dywizji Piechoty im. T. Kościuszki, ekshumowanego z Zielonki,
- 14 osób (kobiety o nazwisku Laufer, 13 osób o nieznanych nazwiskach), ekshumowanych z grobu przy Zarządzie Gminy w Markach,
- 3-osobowej rodziny o nieustalonych personaliach z Nowego Dworu Mazowieckiego, ekshumowanej z Bożej Woli.

Brak informacji o dewastacji cmentarza podczas drugiej wojny światowej. Po jej zakończeniu obiekt stopniowo niszczał. Rozwijająca się roślinność pochłaniała kolejne partie cmentarza, znikały też nagrobki, wykorzystywane jako materiał budowlany i tarcze szlifierskie. Cześć macew skradziono i po zeszlifowaniu wykorzystano jako płyty nagrobne na okolicznych cmentarzach katolickich. Wiele grobów zostało rozkopanych w poszukiwaniu kości, sprzedawanych później studentom medycyny praktykującym w otwockich szpitalach.

W 2002 r. lokalni społecznicy - m.in. nauczycielki Katarzyna Kałuszko, Maria Bołtryk, proboszcz ks. Wojciech Lemański oraz Zbigniew Nosowski - utworzyli Komitet Pamięci Żydów Otwockich i Karczewskich. Z inicjatywy komitetu podjęto prace porządkowe na cmentarzach żydowskich w Otwocku oraz pobliskim Karczewie. W pierwszym etapie prac oczyszczono teren, jednocześnie karczując krzewy i drzewa zarastające cmentarz.

Dzięki wysiłkom mieszkańców Ośrodka Readaptacyjnego Ministerstwa Zdrowia w Anielinie i baptystów ze Stanów Zjednoczonych, granice cmentarza oznaczono granitowymi głazami.

W 2007 r. grupa osób związanych ze społecznością żydowską Warszawy wykonała spis danych osobowych z zachowanych nagrobków. Wyniki inwentaryzacji - dane personalne, zdjęcia i opis lokalizacji grobów - zamieszczono na stronie http://cemetery.jewish.org.pl/otwock/

Obecnie na cmentarzu znajduje się ponad 1200 nagrobków, z których wiele jest uszkodzonych i przemieszczonych. Pod względem liczby zachowanych nagrobków jest to czwarty - po dwóch cmentarzach warszawskich i Szydłowcu - cmentarz żydowski w województwie mazowieckim.

Liczba zachowanych nagrobków z przypisaniem datowania. Stan z 2007 r. Źródło: www.cemetery.jewish.org.pl
1908 - 1 1909 - 0 1910 - 0 1911 - 2 1913 - 2 1914 - 3 1915 - 5	1916 - 9 1917 - 40 1918 - 30 1919 - 43 1920 - 38 1921 - 62 1922 - 51	1923 - 30 1924 - 58 1925 - 41 1926 - 49 1927 - 65 1928 - 50 1929 - 53	1930 - 46 1931 - 46 1932 - 42 1933 - 49 1934 - 33 1935 - 41 1936 - 43	1937 - 55 1938 - 34 1939 - 10 1940 - 5 1941 - 0 1942 - 2 1943 - 1	1944 - 0 1945 - 0 1946 - 0 1947 - 1 1948 - 0 1949 - 0 1950 - 1

Najstarsza zidentyfikowana stela pochodzi z grobu Mosze Chaima Fejnbauma, zmarłego w 1908 r. Dominującą formą nagrobka jest stela z piaskowca. O przemianach obyczajowości Żydów w pierwszych dekadach XX w. świadczą inskrypcje , wykuwane nie tylko w języku hebrajskim, ale także po polsku, niemiecku i rosyjsku. W wielu z nich daje się zauważyć odejście od tradycyjnej struktury żydowskiego epitafium, opartej na schemacie: "Tu pochowany _____, syn/córka _____ zmarł/a w dniu_____. Niech dusza jego związana będzie w węźle życia wiecznego" i zapisanej wyłącznie w języku hebrajskim. Takiej reguły nie zastosowano na przykład na nagrobku Poli Buchwald, na którym polskojęzyczna inskrypcja głosi: "Błogosławionej pamięci Pola Buchwald z Warszawy. Zmarła po krótkich cierpieniach dnia 30 maja 1927 roku w kwiecie wieku, przeżywszy lat 21. Ukochanej Poli rodzice, siostry i bracia. Pusto w domu naszym, smutno bez Ciebie. Odeszłaś w rozkwicie życia, pozostawiając sierocy żal po sobie".

Charakterystyczną cechą otwockich inskrypcji są częste wzmianki miejscowości pochodzenia nieboszczyka. Dotyczą one osób, które nie mieszkały w Otwocku na stałe i zmarły podczas kuracji. Dzięki nim wiadomo, że do sanatoriów i szpitali w Otwocku przyjeżdżali Żydzi między innymi z Warszawy, Łodzi, Płocka, miast Śląska i Zagłębia, z Pińska, Kowla, Odessy, Horodyszcza, Wilna, Miru, Moskwy i Nowego Jorku.

W 2021 r. na cmentarzu wzniesiono ohel w postaci drewnianego zadaszenia na słupach. Ohel chroni groby Chawy Brejndel Silberberg z domu Broder, Estery Gołdy Kalisz (żony Menachema Kalisza z Mszczonowa) oraz Rejzel Alter (żony Jehudy Arie Lejba Altera z Góry Kalwarii).