Żydzi w Zamościu posiadali dwa miejsca pochówku. Najstarszy cmentarz powstał prawdopodobnie pod koniec XVI w. lub na początku XVII w., na podstawie przywileju Jana Zamoyskiego z 1588 r., w którym zapisano m.in.: "Miesce zaś im odemnie wczesne y należy te dla chowania według Zwyczaju y obrzedu ich Umarłych wydzielone y naznaczone będzie. Które Parkanem Drewnianym ogrodziec im będzie się godziło". Cmentarz założono przy trakcie hrubieszowskim, późniejszej ul. Lwowskiej, od 1947 r. ul. Partyzantów. W 1777 r. wschodnia część cmentarza była ograniczona wałem tzw. starych szwedzkich szańców, południowa - oddzielnym wałem ziemnym. Powierzchnia była stopniowo powiększana - pod koniec XVIII w. wynosiła 1,42 ha, w 1924 r. - 2,80 ha. Na początku XX w. cmentarz zajmował działkę na planie trapezu, przylegającego krótszym bokiem do ul. Lwowskiej.

Pod koniec XIX w. powierzchnia cmentarza była niemal całkowicie zapełniona grobami. Około 1880 r. dozór bóżniczy zakupił od Leona Margulesa pobliską działkę. W tym czasie władze miejskie dążyły do zamknięcia cmentarza. Po odwołaniu się przez dozór bóżniczy, w związku z posiadaniem miejsca na pochówki na kolejne 30 lat oraz spełnianiem warunków przewidzianych w przepisach dotyczących cmentarnictwa, sprawa została zawieszona. Urzędowe zamknięcie cmentarza ze względu na "zdrowie miasta i przedmieść" nastąpiło dopiero w 1907 r., jednak nadal odbywały się na nim pogrzeby.

Na początku XX w. cmentarz otaczał wysoki płot. W południowo-zachodnim rogu znajdował się drewniany dom pogrzebowy. Teren był gęsto zadrzewiony. Dozorcami byli członkowie pochodzącej ze Szczebrzeszyna rodziny Blutmanów.

Podczas drugiej wojny światowej zaczęła się destrukcja cmentarza. W sierpniu 1940 r. Judenrat, powołując się na polecenie władz niemieckich, rekrutował robotników do prac na cmentarzu przy ul. Lwowskiej. Niewykluczone, że podane w obwieszczeniu "doprowadzenie [cmentarza] do porządku" było zawoalowanym określeniem robót związanych z jego stopniowym niszczeniem. Na cmentarzu Niemcy założyli uprawę warzyw. Deportowana z Dortmundu do Zamościa Ruth Bauernschmidt w liście do swoich rodziców z 16 czerwca 1942 r. pisała: "Zatrudniono nas do pracy ogrodowej i musieliśmy uprzątnąć, zagospodarować stary cmentarz, na którym teraz są sadzone warzywa i inne jadalne sadzonki".

Dalsze zniszczenia stały się udziałem żołnierzy Armii Radzieckiej, którzy stacjonowali na cmentarzu jesienią 1945 r. W styczniu 1946 r. Komisja Sanitarno-Obyczajowa stwierdziła: "z byłego cmentarza żydowskiego zrobiono śmietnik, brud, kał, gruz i inne odpadki gnijące zatruwają powietrze ulicy Lwowskiej. Rowy lotnicze dotychczas nie zasypane". Można zakładać, że - podobnie jak w wielu innych miejscowościach - cmentarz był dewastowany także przez niektórych mieszkańców Zamościa. Jak wynika z pisma burmistrza Zamościa z 12 lutego 1948 r., po wojnie ogrodzenie (częściowo rozbite) istniało jedynie od strony ul. Lwowskiej, a "otwarty ten teren stał się publicznym wygonem i śmietniskiem, zaś bezpośredni pas za murem kloaką publiczną, tak że w okresie upałów niemożliwy fetor zakażał całe otoczenie".

W 1946 r. miasto przejęło działkę cmentarną. Zarząd Miejski "wywiózł stamtąd hałdy śmieci, ekskrementów, zasypał doły, ogrodził estetycznym płotem, wytyczył aleje, zasadził 180 drzew i wzniósł z pustaków pawilonik z podcieniem od deszczu, pomieszczeniem dla stróża i gospodarczemi". Przeciwko niszczeniu cmentarza protestował Centralny Komitet Żydów w Polsce. Władze Zamościa pozostały jednak nieugięte, urządzając na cmentarzu ogródek jordanowski. 11 listopada 1954 r. Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Zamościu wydało decyzję o wywłaszczeniu działki. Odwołanie TSKŻ zostało oddalone. Na przełomie lat 50. i 60. na cmentarzu postawiono kompleks budynków Rejonowego Urzędu Telekomunikacji, a w latach 1961-1965 Powiatowy Dom Kultury. Wszelkie naziemne ślady cmentarza uległy zatarciu. Miejsce do dziś nie doczekało się upamiętnienia.

Drugi - potocznie zwany "nowym" - cmentarz powstał w 1907 r. na tzw. Uroczyszczu, poza terenem zabudowanym, przy obecnej ul. Prostej. Działkę na planie wydłużonego prostokąta dozór bóżniczy nabył od Leonarda Kowalskiego, właściciela Podtopola. Cmentarz był ogrodzony drewnianym płotem o wysokości ok. 2 m, wejście znajdowało się od strony południowej, gdzie stał wzniesiony w 1920 r. murowany dom przedpogrzebowy. W 1924 r. w Sprawozdaniu Magistratu o stanie cmentarzy grzebalnych wyznania Mojżeszowego w Zamościu, cmentarz opisano następująco: "Cmentarz Nowy obejmuje przestrzeń ogólną 16800 m kw. Zajęta przestrzeń stanowi 5600 m kw, niezajęta 11200 m kw. Zajęta przestrzeń jest zadrzewiona, niezajęta niezadrzewiona. Ogrodzenie stanowi parkan drewniany ok. 2 m wysokości i takaż brama, wszystko w dobrym stanie. Jest tam dom przedpogrzebowy, modlitwy i mieszkanie dla dozorcy, wszystko pomieszczone w jednym murowanym budynku w dobrym stanie. Cmentarz jest położony w niedalekiej odległości od cmentarza parafialnego katolickiego w kierunku wschodnim".

W okresie międzywojennym na cmentarzu zatrudnieni byli m.in. Icek Zajdfudym (grabarz), Szloma Dałes (posługacz) oraz Chaim Josef Gebet (nadzorca). Funkcję dozorców pełnili również chrześcijanie, m.in. J. Sowiński.

W 1934 r. z inicjatywy rabina Moszko Chaima Bluma na cmentarzu uroczyście odsłonięto pomnik na wspólnym grobie Żydów rozstrzelanych przez Rosjan w sierpniu 1914 roku.

Cmentarz pełnił funkcje grzebalne do czasów drugiej wojny światowej. W 1942 r. w zbiorowych grobach pochowano ciała osób zamordowanych podczas tzw. akcji likwidacyjnej getta w Zamościu.

Przybliżone granice cmentarza przy ul. Prostej