Według różnych źródeł, cmentarz żydowski w Szubinie został założony pod koniec XVIII wieku lub na początku XIX wieku, poza miastem, przy obecnej ul. Kcyńskiej. Podczas drugiej wojny światowej teren cmentarza stał się miejscem licznych egzekucji.
Do dziś na powierzchni 0,73 ha zachowało się zaledwie kilka nagrobków. Część terenu cmentarnego została zabudowana. Na cmentarzu znajduje się pomnik ku czci zamordowanych tu obywateli polskich, z napisem o treści: "Miejsce uświęcone męczeńską krwią Polaków rozstrzelanych przez hitlerowców. Wrzesień-październik 1939 r.".
21 września 2011 r. z inicjatywy Mirosława Rzeszowskiego - Dyrektora Rejonowej Biblioteki Publicznej w Szubinie i Prezesa Szubińskiego Towarzystwa Kulturalnego na cmentarzu ufundowano pomnik z napisem: "Pamięci Żydów spoczywających na tym cmentarzu Szubińskie Towarzystwo Kulturalne 2011". Na obelisku umieszczono tablicę pamiątkową wykonaną przez Romana Wesołowskiego z Kcyni. Obok pomnika ustawiono odnalezioną przez jednego z mieszkańców miasta macewę Antonie Bry (hebrajskie imię: Tojwa córka Falka), zmarłej 15 marca 1889 r. (12 adar II 5649 r.). Na ceremonię odsłonięcia pomnika przybyli m.in. Michael Schudrich - Naczelny Rabin Polski, ks. Łukasz Boruch, pastor Ryszard Jankowski, Jan Rulewski - senator RP, Teresa Piotrowska - poseł RP, Artur Michalak - przewodniczący Rady Powiatu Nakielskiego, Andrzej Wrona - wiceprzewodniczący Rady Miejskiej w Szubinie, Danuta Siewkowska - prezes Oddziału Akcji Katolickiej w Szubinie, Andrzej Kokociński - prezes Bractwa Kurkowego w Szubinie, delegacja Braci Kurkowych z Okręgu Bydgoskiego, Zbigniew Ostrowski - wicewojewoda kujawsko-pomorski, Andrzej Kindermann - wicestarosta Powiatu Nakielskiego, Ignacy Pogodziński - Burmistrz Szubina z zastępcą Mariuszem Piotrkowskim, Renata Kabulla -sekretarz Urzędu Miejskiego w Szubinie, radni powiatowi i gminni, członkowie Szubińskiego Towarzystwa Kulturalnego, dyrektorzy szkół, działacze społeczni, młodzież szkolna oraz mieszkańcy Szubina.