Podczas drugiej wojny światowej cmentarz stał się miejscem egzekucji i pochówku ofiar Zagłady, między innymi:
- w 1939 lub 1940 r. Niemcy rozstrzelali trzech Żydów, ich ciała pochowano na cmentarzu,
- w 1941 r. na cmentarzu rozstrzelano 12 osób, między innymi członków rodzin Waldeman i Markiel, w tym dzieci,
- w lipcu 1942 r., podczas deportacji Żydów z Baranowa Sandomierskiego do Dębicy, a następnie do obozu śmierci w Bełżcu, Niemcy zgładzili na cmentarzu grupę dzieci i osób w podeszłym wieku,
- wiosną 1943 r. Niemcy rozstrzelali na cmentarzu kilkunastu Żydów zatrudnionych w firmie budowlanej w Baranowie Sandomierskim.

Prawdopodobnie w 1945 r. zbiorowy grób oznaczono i zabezpieczono betonową wylewką. Przypuszczalnie podczas wojny rozpoczął się proces dewastacji cmentarza, kontynuowany w kolejnych dekadach.

W wyniku zniszczeń niemal wszystkie naziemne elementy cmentarza uległy zatarciu. Obiekt jest nieogrodzony, granice są nieczytelne. Teren jest porośnięty lasem. We wschodniej części cmentarza znajduje się otoczona betonowym cokołem zbiorowa mogiła osób zamordowanych w czasie wojny. Ustawiony na niej granitowy głaz posiada nieczytelną inskrypcję. W Urzędzie Miasta i Gminy w Baranowie Sandomierskim znajduje się sporządzone 3 września 2003 r. Sprawozdanie z lustracji obiektu cmentarnictwa wojennego Kierkut, w którym zapisano, że pomnik został wzniesiony w 1945 r. i jest to: "mogiła zbiorowa 60 niezidentyfikowanych Żydów, wykonana z obrzeży betonowych" w kształcie prostokąta o wymiarach 5 m na 10 m, z "kamieniem o wymiarach 0,80 m na 1 m z napisem w nieznanym języku". W 2009 r. na cmentarzu w nieznanych okolicznościach pojawiła się macewa Szmuela syna Izraela Rottlera, zmarłego 19 maja 1886 roku.

W 2007 r. uczniowie Publicznego Gimnazjum w Skopaniu w ramach projektu Centrum Edukacji Obywatelskiej "Ślady przeszłości" prowadzili na cmentarzu prace porządkowe.