Gmina żydowska w Nowym Sączu posiadała dwa miejsca pochówku. Najstarszy cmentarz jest oddalony około 200 m na północ od Rynku, znajduje się po wschodniej stronie ul. Piotra Skargi, w sąsiedztwie synagogi. Data założenia nie jest znana - cmentarz powstał prawdopodobnie w XVII lub XVIII w. Był czynnie użytkowany przypuszczalnie do 1854 r., jego zamknięcie mogło być związane z regulacją przebiegu ul. Szpitalnej (obecnej ul. Piotra Skargi) w latach 1854-1855. Wśród pochowanych był rabin Mosze Dawid Landau, zmarły około 1830 r. Na początku XX w. teren był ogrodzony. Podczas drugiej wojny światowej rozpoczął się proces dewastacji cmentarza, kontynuowany w kolejnych dekadach. W 1963 r. władze miasta podjęły decyzję o splantowaniu terenu i przekształceniu go na zieleniec.

W wyniku destrukcji wszelkie naziemne ślady cmentarza uległy zatarciu. Pojedyncze fragmenty nagrobków (m.in. destrukt piaskowcowej steli Frumet córki Lejzora, na podstawie liternictwa datowany na koniec XVIII w.) i słupów ogrodzeniowych znajdują się w murze oporowym przy ul. Piotra Skargi. Teren jest nieogrodzony, granice są nieczytelne. Brak trwałej formy upamiętnienia.

Brak danych o statusie własnościowym. Obiekt jest wpisany do gminnej i wojewódzkiej ewidencji zabytków, nie posiada wpisu w rejestrze zabytków nieruchomych.

Drugi - założony prawdopodobnie w drugiej połowie XIX wieku - cmentarz znajduje się pomiędzy ul. Rybacką i ul. Flisaków, zajmuje działkę na nieregularnym planie i powierzchni 32357 m kwadratowych.

W 1876 r. na cmentarzu spoczął cadyk Chaim Halberstam, założyciel słynnej dynastii chasydzkiej. W kolejnych latach w jego sąsiedztwie pochowano kontynuatorów dynastii, nad ich grobem wzniesiono ohel. Na początku XX w. przy cmentarzu znajdował się dom przedpogrzebowy.

Podczas drugiej wojny światowej cmentarz był miejscem licznych egzekucji. Według szacunków Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich na jego terenie zabito około dwóch i pół tysiąca osób. W tym czasie rozpoczęła się dewastacja obiektu.

Po 1945 r. cmentarzem opiekowały się Powiatowy Komitet Żydowski i Żydowska Kongregacja Wyznaniowa w Nowym Sączu. W kolejnych latach cmentarz ogrodzono i uporządkowano, na jego teren przeniesiono macewy znalezione w różnych punktach miasta, odbudowano ohel. Cmentarz służył jako miejsce pochówku, chowano na nim również zwłoki ofiar Zagłady, ekshumowane m.in. z Limanowej. W 1959 r. władze państwowe wzniosły na cmentarzu pomnik upamiętniający osoby rozstrzelane przez Niemców. W wieloletni proces zabezpieczania i renowacji cmentarza włączały się różne osoby i organizacje, między innymi rabin Mendel Reichberg, Jakub Müller, a obecnie chasydzka fundacja Bnei Sanz.

Pomimo zniszczeń zachowało się nie mniej niż kilkaset macew, z których część - wobec braku możliwości ustalenia lokalizacji danych grobów - ustawiono po wojnie w przypadkowych miejscach. Przy głównej alei pochowano osoby zmarłe w ostatnich dekadach, między innymi: Chaima Ringa (zm. w 1967 r.), Ruwina Gribela (zm. w 1968 r.), Bernarda Teichlera (zm. w 1972 r.), Mojżesza Szagrina (zm. w 1978 r.) i Kalmana Holzera (zm. w 1984 r.).

Po lewej stronie alei znajduje się ohel, w którym spoczywa Aszer Zelka (Zelki) syn Izraela Cwi - zmarły w dn. 19 nisan 5590 r. (12 kwietnia 1830 r.) dajan z Nowego Sącza, uczeń Jakuba Icchaka Horowica "Widzącego z Lublina".

Nieco dalej, po prawej stronie alei uwagę zwraca okolona barierką czarna macewa. W tym miejscu złożono kości wykopane na początku lat sześćdziesiątych podczas prac budowlanych prowadzonych na starym cmentarzu żydowskim w Mielcu przy ul. Jadernych.