Luba Lipko przy grobie matki Rachel córki Mosze, żony Awrahama Hersza Lipko. Fotografia z kolekcji Mayera Foxa.

Podczas II wojny światowej cmentarz był świadkiem antysemickich zajść, do jakich doszło w Kolnie po agresji Niemiec na Związek Radziecki. Szymon Datner w opracowaniu zatytułowanym Zagłada Żydów w Kolnie (Archiwum Żydowskiego Instytutu Historycznego im. E. Ringelbluma, relacja nr 301/1996) tak opisał te wydarzenia: "5 lipca 1941 roku Niemcy i ich polscy pomocnicy wygnali całą żydowską ludność i zebrali ją wokół pomnika Lenina. Przy akompaniamencie okrutnego bicia i wrzasków statua zostaje rozbita. Gruzy zostają załadowane na wozy, do których wprzęgnięto Żydów w tałesach. (.....) Odprowadzana żartami i śmiechem mieszkańców rusza kolumna Żydów ze śpiewem "Hatikwa" na żydowski cmentarz. (....) Na cmentarzu Żydzi wykopali grób, kazano im modlić się, śpiewać i przy wielkiej radości znęcających się, gruz po statui Lenina zostaje zakopany. Przy wyjściu z cmentarza i zakończeniu "uroczystości", polscy chuligani tworzą szpaler i pałkami biją głowy żydowskie".

Zapewne wkrótce po tych wydarzeniach rozpoczął się proces dewastacji cmentarza, kontynuowany także po odzyskaniu niepodległości. Przytoczmy tu fragment opublikowanych w Księdze Pamięci Kolna wspomnień Racheli Alter-Borkowskiej, spisanych po wizycie na cmentarzu w 1961 roku: "Ogrodzenie jest zrujnowane, groby - bez pomników, tu i tam leżą ich fragmenty. (.....) Szukałam grobu mojej matki w miejscu, w którym - jak pamiętałam - została pochowana. (....) "Patrz - pewien Polak powiedział do mnie - tu, w otwartym grobie Niemcy zabili Szepsela Melcherskiego, grabarza. Zmusili go do wykopania grobu i położenia się w nim. Wtedy go zastrzelili, grób pozostał półotwarty". Nie ma już grabarza Szepsela, razem z nim przepadła książka ze spisem zmarłych". W latach osiemdziesiątych 80-tych jeden z mieszkańców Kolna w liście przesłanym do Żydowskiego Instytutu Historycznego alarmował: "Cmentarz w Kolnie jest wprawdzie ogrodzony, ale całe lato pasą się na nim krowy. Tylko gdzieniegdzie znajdują się jeszcze widoczne ślady po grobach".

Od zakończenia wojny przez 60 lat nekropolia czekała na ratunek. Dopiero w 2005 r. cmentarz został uporządkowany. Naprawiono też ogrodzenie, ustawiono bramę, na której zamocowano tablice z napisami w językach polskim, hebrajskim i angielskim. Prace zostały wykonane dzięki zaangażowaniu między innymi nowojorskiego rabina Szlomo Bessera, rodziny wywodzącego się z Kolna Emanuela Toporowitza i Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.