Podczas drugiej wojny światowej na rozkaz Niemców część wzgórza cmentarnego została zniwelowana. Na cmentarzu wzniesiono baraki. Prace zostały zarejestrowane przez nieznanego filmowca-amatora. Kolorowy, trwający 45 sekund film znajduje się obecnie w prywatnej kolekcji Tomasza Wiśniewskiego. Uwieczniono na nim grupę Żydów, którzy pod nadzorem niemieckich strażników rozkopują wzgórze cmentarne, junaków z organizacji Todt, flirtujące z nimi dwie kobiety z bukietami kwiatów, robotników wbijających pale w ziemię i formujących stok wzgórza w schodkowe tarasy oraz zniwelowaną już dolną część nekropolii, z drewnianym barakiem latryny. O dramacie, jaki przeżywali robotnicy przymusowi, świadczy nagrana w 1989 r. relacja Ethel Klein: "Niemcy wzięli żydowskie dziewczyny i chłopców do pracy [...]. Żydowski cmentarz znajdował się niedaleko szkoły publicznej, do której uczęszczałam. [...] To był cmentarz bardzo religijnych rabinów, do których przyjeżdżali ludzie z całej Polski [...]. Kiedy Niemcy zajęli szkołę, chcieli zrobić boisko na cmentarzu. My, dziewczęta, musiałyśmy. [rozmówczyni przerywa, płacze]. To był bardzo znany cmentarz. Wszystko leżało, skrzynie, kości, śmieci. Znalazłyśmy głowę, czaszkę. Oni zatknęli ją na kiju i postawili przed szkołą, aby każdy widział, robił sobie z tego zabawę, robił zdjęcia".

W latach 50. lub. 60. na cmentarzu zbudowano szkołę i urządzono boisko. Fragmenty macew wykorzystano do budowy muru oporowego przy boisku.

Obecnie południową część cmentarza zajmuje szkoła i boisko. Po zewnętrznej stronie ogrodzenia szkoły ustawiono stylizowany na macewę pomnik. Prawdopodobnie w części północnej, na wzniesieniu znajdują się relikty oryginalnego muru cmentarza, wyznaczającego granicę północną i północno-wschodnią oraz pojedyncze fragmenty nagrobków (wzmiankowane w Karcie Cmentarza z 1992 r.). Okresowo z rozkopanego wzgórza osuwają się kości. Przeprowadzone w ostatnich latach badania archeologiczne ujawniły liczne pochówki w części zajętej przez boisko.

Właścicielem cmentarza jest Gmina Kazimierz Dolny. Obiekt nie jest wpisany do gminnej i wojewódzkiej ewidencji zabytków oraz do rejestru zabytków nieruchomych województwa lubelskiego.