Cmentarz żydowski w Dobrzyniu nad Wisłą został założony około 1575 r., między miastem a brzegiem Wisły, około 250 m poniżej dzielnicy Bugaj. Cmentarz zajmuje działkę geodezyjną nr 1388/2.

Wiadomo, że przed wojną cmentarz nie był ogrodzony, wiodły do niego drewniane schody. W spisie majątku miejscowej gminy żydowskiej z 1939 r. wzmiankowany jest "dom mieszkalny z szopką dla grabarza", który prawdopodobnie stał przy cmentarzu.

Brak dokładnych informacji o losach cmentarza w latach drugiej wojny światowej oraz w późniejszym okresie. Z całą pewnością obiekt uległ częściowemu zniszczeniu w latach 60., podczas przygotowań do budowy Kaskady Dolnej Wisły. Obecnie część cmentarza znajduje się na skarpie Wisły, z jej osuwiska wypadają kości.