Pierwszy cmentarz żydowski w Biłgoraju powstał prawdopodobnie w XVI w. w sąsiedztwie synagogi, w rejonie obecnej ul. Lubelskiej. Wiadomo, że na początku XX w. cmentarz nie był użytkowany, jego teren o wymiarach ok. 36-54 m wykorzystywano jako pastwisko. W latach PRL działka cmentarna została zabudowana.
W 1725 r. gmina żydowska w Biłgoraju zorganizowała kolejne miejsce pochówku, na placu u zbiegu dzisiejszych ulic 3 Maja i Piłsudskiego. Nekropolia ta była czynna do końca XIX w. Podczas drugiej wojny światowej naziści zdewastowali cmentarz, nagrobki przeznaczając do prac budowlanych. Po wyzwoleniu na terenie cmentarza wzniesiono szkołę, dziś mieszczącą Liceum Ogólnokształcące im. ONZ.
Trzeci cmentarz żydowski powstał w pierwszej połowie XIX w., na niewysokim wzniesieniu przy obecnej ul. M. Konopnickiej. Wiadomo, że przed 1939 r. cmentarz zajmował działkę w kształcie nieregularnego sześcioboku o powierzchni ok. 2,4 ha, znajdowały się na nim liczne macewy oraz ohel. W latach Zagłady na cmentarzu naziści dokonywali zbiorowych i doraźnych egzekucji osób pochodzenia żydowskiego. Ciała ofiar grzebano w miejscu kaźni. Po zakończeniu działań wojennych na cmentarz przeniesiono szczątki Żydów, ekshumowane z mogił znajdujących się na terenie Biłgoraja oraz w jego okolicach. Z czasem część działki cmentarnej została zaanektowana przez zakład betoniarski.